Bislang existieren keine Systeme, die eine Wasserabsaugung und Aufbereitung vorsehen. Bürstensysteme oder Hochdruckwasserstrahlsysteme, müssen einerseits adhäsierte Seepocken ablösen, dürfen aber die Farbschichten, besonders den Korrosionschutz, nicht beschädigen. Hier besteht Forschungsbedarf in der Entwicklung effektiver Reinigungssysteme, die evtl. auch auf der Wirkung von Ultraschall, Temperatur, ultravioletter Strahlung oder elektrischer Felder, oder aus einer Kombination aus den genannten, basieren. Bei den mechanischen Reinigungssystemen von gedockten Schiffe liegen Produkte bereits vor. So minimieren z. B. Hochdruckwasserstrahltechnik im Zusammenhang mit einer Abwassersammlung und -filterung den Eintrag biozidhaltiger Substanzen in die Umwelt. Die mit einer Dockung verbundenen Kosten für Vorbereitung, Ein- und Ausdocken lassen erwarten, daß diese Methode im Verhältnis zu einer Unterwasserreinigung ohne Dockung deutlich kostenintensiver ist.
